十八世纪南美丛林，一名耶稣会神父和一名奴隶贩子，在共同保护原住民免遭殖民军屠杀中走向殉道。
十八世纪，西班牙和葡萄牙殖民者在南美洲瓜分土地、抓捕原住民为奴隶。耶稣会神父加布里埃尔深入丛林，用音乐和爱感化了一个部落，建立了传教站。前奴隶贩子罗德里戈因杀死亲弟弟而悔罪，跟随神父成为修士。
当殖民当局根据条约要驱逐传教士、奴役原住民时，加布里埃尔选择和平抵抗，而罗德里戈选择武装反抗。两人理念冲突但目标一致。殖民军大炮对准传教站时，罗德里戈带原住民战士冲出去战死，加布里埃尔则举着十字架和圣体光，领着孩子们唱着圣歌走向枪口。
最后的画面：炮火中，一个原住民孩子捡起摔碎的笛子，拼好，继续吹。
配乐（《加布里埃尔的双簧管》）比影片本身更出名，但影片同样震撼。两个主角分别代表“爱之殉道”与“愤怒之殉道”，没有评判高下，只呈现了殖民暴力下信仰的两难。最后唱诗班走向枪口的镜头，有灵魂的庄严感。
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